Hasta la entrada en vigor del primer Código de Comercio, el 1 de enero de 1830, los Consulados habían desempeñado dos funciones, la judicial y la de agremiar a los grandes mercaderes. De manera que, a partir de aquella fecha, la villa y puerto de Bilbao iniciaba una nueva etapa con dos instituciones rectoras de la vida mercantil: el Real Tribunal de Comercio, que había de regirse por el mismo código que en España, y la Real Junta de Comercio de Bilbao, representante de los comerciantes mayoristas.Este nuevo Tribunal de Comercio reemplazaba al antiguo Consulado. Sin embargo, la institución consular no desapareció del todo, ya que se admitió su conversión en Real Junta de Comercio, la cual podía utilizar las Ordenanzas mercantiles derogadas, siempre y cuando no se opusieran o contradijeran al nuevo Código de Comercio. Tras el estudio del nuevo régimen jurídico mercantil por el síndico del Señorío de Bizkaia y una comisión nombrada por el Consulado de Bilbao, las Juntas Generales de Gernika, reunidas en sesión extraordinaria el 7 de febrero de 1830, acordaban que se aplicase el Código de Comercio en Bizkaia.

El 17 de junio de 1830se constituyó el Real Tribunal de Comercio de Bilbao, aunque oficialmente quedó declarado dos días después, y lo integraron: el prior Pedro Pascual Uhagón, los dos cónsules propietarios Manuel Claudio Jane y Juan Martín Jáuregui, y los dos sustitutos Lorenzo Francisco Lapeyra y Mariano Sarría, aunque a éste último le sustituyó poco después Melchor Leguina. A dicho tribunal estuvo ligado el Colegio de Corredores de Comercio, que intervino, entre otros asuntos, en la provisión de plazas vacantes.

Por decreto de 6 de diciembre de 1868, quedaban suprimidos los Tribunales de Comercio existentes hasta la fecha. El Juzgado de Primera Instancia de la villa de Bilbao se hizo cargo en adelante de las causas mercantiles y la institución jurídica mercantil ya no fue contemplada por el segundo Código de Comercio de 1885.

Los Reales Tribunales de Comercio reemplazaron a los Consulados en sus funciones judiciales mercantiles, pero no en la función directiva que éstos tenían como juntas de comercio y gremio de comerciantes mayores. Por ello, se formaron las Reales Juntas de Comercio, separadas de aquellos, cuya presidencia en Bilbao y en San Sebastián correspondió al Corregidor.El 22 de febrero de 1830 se constituyó la primera Real Junta de Comercio de la villa, que dispuso de fondos propios y cuyas funciones eran gobernar la vida mercantil (elaborar informes, dictámenes y memoriales, impulsar proyectos para mejora del comercio y la navegación, defender los intereses de navieros y comerciantes, etc.).La Junta de Comercio participó en significativos proyectos como fueron el ferrocarril de Madrid a Irún por Bilbao, el Bilbao-Tudela por Miranda y la creación del Banco de Bilbao.

Pese a la oposición de los comerciantes bilbaínos, en 1860 fue suprimida la Junta de Comercio y pasó a integrarse en la Junta de Agricultura, Industria y Comercio de Vizcaya, creada en base al R.D. de 14 de diciembre de 1859.

Tras la entrada en vigor del segundo Código de Comercio (1885), el Ministro de Fomento, Eugenio Montero Ríos, procedió a consultar a las principales instituciones y centros mercantiles sobre la conveniencia de establecer Cámaras de Comercio y sus posibles bases. La Comisión Permanente de Fomento y Defensa del Comercio de Vizcaya, creada en torno a 1882, elaboró un proyecto de bases para creación y régimen de éstas. Comerciantes e industriales vizcaínos proponían la agrupación de dichos profesionales en una corporación que fuera la responsable de elegir y constituir la Cámara. El R. D. de 9 de abril de 1886 establecía los requisitos y normas para el establecimiento de dichas Cámaras de Comercio, en base al modelo francés de dependencia de la Administración central.

Una comisión preparatoria, en la que tomaron parte algunos de los miembros de la Comisión Permanente de Fomento y Defensa del Comercio de Vizcaya, redactó un reglamento provisional y reunió en asamblea general a comerciantes, industriales, navieros y capitanes mercantes de altura.El 28 de mayo de 1886, en el Instituto Vizcaíno de Bilbao, aprobaron el Reglamento interior y eligieron la primera Junta Directiva, encabezada por Pedro T. Errazquin Astigarraga,así como las cuatro comisiones de la Cámara: Navegación, Aduanas y Ferrocarriles, Industria, Exposiciones y Estadística, Legislación, Enseñanza y Asuntos Generales. Quedó constituida con 504 asociados, “los primeros de España en formar Cámara” (R. O. de 14 de junio de 1886).

En enero de 1888 comenzó a publicarse el Boletín mensual de la Cámara de Comercio de Bilbao, órgano oficial de la misma, y fue su redactor-jefe Camilo Villavaso, secretario archivero de la Cámara. En 1891 dicho Boletín se fusionó con la revista Bilbao Marítimo y Comercial, pero ya en 1914 la Cámara pasó a editar Información, órgano propio hasta la actualidad.