Se trata de un convento femenino de la Orden de Santa Clara.

Fue un beaterio, y se sabe que para 1499 las beatas habían comprado una casa y sus huertas a Martín Sáenz de Arbolancha, y para mediados del siglo XVI se habían alojado en la calle Ascao.

Fue el beaterio bilbaíno que más luchó contra la imposición de la clausura, llegando a ganar un pleito al Nuncio en Madrid en 1584. Sin embargo, tras recibir una parte de la herencia de Domingo de Gorgolla, el 30 de octubre de 1614 entró en vigor la clausura y el beaterio se convirtió en un convento, abrazando la Orden de Santa Clara en el año 1619.

La comunidad vivió en clausura hasta que en 1808, y durante cinco años, el convento fue ocupado por los franceses quienes lo utilizaron de cuartel y hospital. Las religiosas regresaron en 1815, aunque la primera guerra carlista y las desamortizaciones de los años 1834 y 1835 las desposeyeron de casi todas sus pertenencias. Así, sobre el primitivo solar del convento, en 1847 se construyó el Antiguo Instituto de Segunda Enseñanza del Señorío, mientras que las religiosas se trasladaron a una casería de Las Calzadas de Mallona y en 1858 ya estaban viviendo en el nuevo convento. Estuvieron aquí hasta que en 1959 abandonaron Mallona para trasladarse a Loiu, mientras que en el terreno se construyeron unas viviendas, las de Santo Domingo.