Organismo creado a raíz de la separación de los cuadros de médicos del Hospital de Atxuri y de la Beneficencia en el año 1897; encargado de la sanidad pública en Bilbao desde entonces hasta que sus funciones fueron encomendadas al Servicio Vasco de Salud-Osakidetza.

Desde mediados del siglo XVII Bilbao contaba con médicos asalariados encargados de la asistencia médica a los pobres, tanto en su domicilio como a los ingresados en hospitales, cárceles y asilos. Esta relación siempre era a título individual, firmando cada médico un contrato diferente, aunque se aceptaba un cierto liderazgo del Cirujano Mayor del Hospital cada vez que la aparición en la Villa de enfermedades infecciosas “sospechosas”, exigía una opinión colegiada. 

A finales del siglo XIX el crecimiento de Bilbao y el progreso de las ciencias de la salud obligaron a crear nuevos servicios médicos: Higiene Mortuoria (año 1854);  Médicos de Puertas del Hospital (1854); Higiene Especial, encargado de la atención y prevención de las enfermedades de transmisión sexual (1873); Inspector de Escuelas (1888); Inspector de Higiene y Demografía (1897) e Instituto Municipal de Vacunación (1903). 

Además se procedió a la separación de las funciones de los médicos titulares, quienes hasta entonces venían atendiendo indistintamente a los enfermos del hospital y de la beneficencia; a partir del año 1877 los médicos de sala del hospital quedaron desligados de sus funciones extra-hospitalarias y los restantes titulares se encargaron de la atención a los enfermos pobres. Esto permitió que el Ayuntamiento fuera añadiendo a sus labores asistenciales otras funciones como la inspección de locales, viviendas, escolares, nodrizas, etc. Al mismo tiempo tuvo lugar la creación del Cuerpo de Veterinarios Municipales, encargado de la higiene de las carnes y otros alimentos, y del Laboratorio Municipal.

Las casas de socorro municipales del Ensanche (1893) y del Distrito del Centro (1908) completaron el cuadro asistencial sostenido por el municipio. Pero todo ello se fue estableciendo de una forma improvisada y se hacía evidente la necesidad coordinar todas estas actividades

En 1877 se aprueba un Reglamento que regula la sanidad municipal, pero no se establece una jefatura de la que dependa. En 1897 el cuadro de médicos del Hospital pasa a depender de la Junta de Caridad y deja la disciplina del Ayuntamiento. Dos años después, se aprueba el primer Reglamento que establece ya un cuerpo médico jerarquizado en el que el Inspector de Salubridad ejerce como decano. La pandemia gripal del año 1918 pone a prueba su cohesión y la República le permite alcanzar su mayor grado de desarrollo. 

Para combatir la mortalidad infantil se fueron siguiendo los pasos de otras ciudades europeas y se crearon servicios como la “Gota de Leche” (1906) destinada a proporcionar cuidados de puericultura y lactancia artificial a las familias necesitadas; la Inspección Médica Escolar (1920), que llegó a contar con una plantilla compuesta por un médico jefe, siete médicos de zona y otros siete especialistas. En 1926 entra en servicio el Hospital de Enfermedades Venéreas en la plaza de la Cantera, dedicado a la prevención y tratamiento de las enfermedades venéreas, con una plantilla de cuatro médicos, un médico analista y dos practicantes, además de una pequeña comunidad religiosa. Por último, el servicio de Tocología (1928) para asistir a los partos en el propio domicilio, atendido por dos tocólogos y dos matronas.

Durante los años posteriores a la guerra civil se inicia un declive en la calidad y en las prestaciones de la sanidad municipal. Esto es debido a la pérdida de la autonomía del Ayuntamiento y la merma de sus  presupuestos; pero también a la irrupción de los poderes del Estado que transfieren a entidades supramunicipales las competencias sanitarias. Primero la Delegación Provincial de Sanidad (1927), después, la asistencia sanitaria de la Seguridad Social (1942) y, por último el Servicio Vasco de Salud-Osakidetza (1983), vaciaron de competencias a la sanidad municipal. En la reforma del Ayuntamiento llevada a cabo en el año 1986, desaparece el Cuerpo Médico Municipal