El templo más popular de Bilbao es el de San Antonio Abad o San Antón, imagen del escudo de la Villa e intensamente ligado a su historia.

Este templo gótico se levanta en un solar junto a la Ría y al puente al que da nombre. Sin embargo, esta construcción no es la primera que huboaquí. Su ocupación fue anterior a que Diego López de Haro otorgara la Carta Puebla a Bilbao en 1300. Las excavaciones arqueológicas (2002) sacaron a la luz las bases de un edificio de piedra y argamasa con postes de madera, datado entre los siglos XII y XIII. Esta ubicación sobre un promontorio rocoso, junto al cauce fluvial donde atracarían algunos barcos y al puente por donde llegaban las mercancías castellanas, hizo de este punto un enclave estratégico en la economía de Bilbao.

Por ese motivo en 1334 Alfonso XI levantó aquí un alcázar para controlar el tránsito de personas y mercancías, y rodeando las primitivas siete calles una muralla, parte de cuyo trazado se descubre dentro del templo y que certifica la inclusión de la iglesia dentro de la cerca.

Sin embargo aquel fortín se derribó poco después (1366) para levantar una primera iglesia, consagrada en 1433. Tenía una navede planta rectangular y cabecera poligonal, tal como reveló la arqueología. Este templo conoció pronto una ampliación (1478) y es que,por un lado, seguramente el crecimiento demográfico de Bilbao requería una iglesia mayor y, por otro, su ubicación sobre la roca y otras estructuras anteriores, provocaron ciertos problemas de estabilidad. Ese es el templo actual, con otros añadidos posteriores.

Condicionada por su emplazamiento, la iglesia resulta compacta, con tres naves de cuatro tramos, rematadas en cabecera recta y con la peculiaridad de presentar un chaflán en la nave sur, sin duda para protegerse de los frecuentes embates de la Ría. En alzado, típicamente gótico, la nave mayor supera en altura las laterales, cuyas tensiones se soportan exteriormente por contrafuertes (refuerzos del muro) y arbotantes (arcos de descarga) de doble arcada.

Como sucede en otros templos del gótico vasco, la nave mayor se recorre por triforio (galería superior ornamental) y sobre éste van los vanos, aligerando notablemente los muros.

A este volumen gótico se sumóal norte la portada(1544-1548). Fue trazada por Juan de Garita y ejecutada por un equipo liderado por los Beaugrant, completándose con la balconada superio en 1559 (Juan de Láriz). Todo ello se decora con cabezas de ángeles, seres fantásticos, vegetales, rotundas figuras y bustos… en clave renacentista.

A su lado se erige la torre campanario (1774), de Manuel de Capelastegui, según traza de Juan de Iturburu, que remata en una giralda (veleta escultórica, en este caso una alegoría de la Fe), obra de Jerónimo de Argos. Los últimos añadidos fueron pórtico, sacristía y despachos, realizados en estilo neogótico (Enrique Epalza, 1902).

En el interior la iglesia cuenta con tres capillas del siglo XVI. La primera es la de Santa Lucía o del preboste Lezama-Leguizamón, que después fue del Consulado. Tiene retablo e imaginería barroca y una pareja de lienzos de Manuel Losada representando a los patronos de Bizkaia. La capilla se cierra con una reja del siglo XVII y está comunicada con la de la Piedad o de Martínez de Recalde. Éstase abrió en 1554, aunque la reja renacentista revela una fecha anterior, 1538, siendo una de las mejores rejas vizcaínas. Y también el retablo que la preside nos remite a una cronología previa, con una talla de la Piedad de hacia 1540, atribuida a Juan de Beaugrant. Completa este espacio, un lienzo con la Visita de San Antón a San Pablo Ermitaño, del siglo XVII.  La tercera capilla, de San Roque o de Ibaseta, es la más pequeña. Exhibe un sepulcro en el frente, y las tallas del titular y de San Sebastián atribuidas al artista cortesano Juan Pascual de Mena (1754-1756). Acaso también sea de su mano el San Antonio de Padua ubicado en un nicho en el primer tramo de la nave de la epístola (lado derecho mirando hacia el altar).

La iglesia no conserva su retablo de estilo romanista (segunda etapa del renacimiento), de Martín Ruiz de Zubiate, ejecutado por Esteban Velasco, Juan de Ullívarri y Martín de Basabe. Sin embargo en la composición actual (Iñaki García Ergüin, 2003) se incluyen algunas obras de aquel mueble: tallas de San Pedro y San Pablo, y un par de relieves (Lavatorio de pies y Última Cena). Y presidiéndolo, un Cristo crucificado del siglo XVI. Otras piezas destacables son una talla de San Antón gótica, las figuras de San Cosme y San Damián (Antonio de Alloitiz, 1664) y una pintura barroca que muestra la Asunción de la Virgen.