La iglesia dedicada a San Juan Bautista y San Juan Evangelista se localiza en el Casco Viejo, en la confluencia de las calles Ronda y Cruz. Pero no siempre fue así. La parroquia se trasladó aquí en 1770, tras clausurarse su sede original, situada en la plaza homónima junto al Puente de San Antón.

 Su origen se encontraba en una capilla aneja al antiguo hospital de los Santos Juanes (documentado en el arrabal de Ibeni al menos desde 1469), que desde 1477 se convirtió en la tercera parroquia de la villa. En el siglo XVI aún era una modesta construcción que contaba con una sola nave a la que se abría una capilla dedicada a la Visitación o Santa Isabel. Tras la inundación de 1553, al año siguiente se fundó en esta parroquia la Cofradía de la Vera Cruz, la más antigua de Bilbao, propietaria de algunas de las obras más relevantes del patrimonio religioso que se conservan en esta iglesia. Muy afectado por los desbordamientos de la ría, el edificio se fue deteriorando progresivamente y hacia 1740 se cerró al culto.

La expulsión de los Jesuitas en 1767 abriría una nueva etapa en su historia al propiciar su traslado definitivo, tras un breve paso por el claustro de la catedral, al antiguo Colegio de San Andrés. El establecimiento de esta orden religiosa en Bilbao se había visto impulsado con el legado en 1600 de una renta de 1500 ducados por parte de don Domingo de Gorgolla, al que sumarían más tarde nuevas donaciones, como la de doña Antonia de Zamudio en 1618.

Las obras se desarrollaron en dos etapas: aunque hacia 1636 se describía la iglesia por el padre Henao como “perfectamente acabada”, sólo estaría edificada la zona comprendida entre la fachada y el crucero, paralizándose las obras en 1642. Treinta años después los canteros Manuel Ceballos y Mateo del Río contrataron la realización de la cabecera y en 1675 se trabajaba ya en las cubiertas, a cargo de Francisco de Elorriaga.

El edificio posee planta de cruz latina con crucero enrasado inscrita en un rectángulo mediante la incorporación de capillas hornacinas independientes, que en una reforma posterior se unieron dando lugar a unas naves laterales. Destaca la limpieza de su alzado con pilares toscanos que compartimentan los tramos de la nave entre los que se abren vanos de medio punto y una tribuna perimetral que da bastante carácter al conjunto. Las cubiertas son bóvedas de lunetos con yeserías geométricas y motivos vegetales, salvo en el crucero, donde se emplea una cúpula rebajada ciega.

La sobriedad propia del barroco clasicista se aprecia mejor en el exterior, particularmente en la fachada principal, de tres calles, la central el doble de ancha y alta que las laterales con las que se enlaza mediante aletones. En el piso inferior el acceso de medio punto se enmarca entre dobles columnas toscanas que sostienen entablamento de triglifos y metopas y tímpano recto coronado por pináculos con dado y bola. El diseño se retoma en el cuerpo superior sustituyendo las columnas por pilastras y el hueco de paso por una ventana con frontón semicircular enmarcada entre los escudos de España a la izquierda y Gorgolla (apellido del fundador) a la derecha. En las calles laterales, coronadas por pináculos piramidales, se abren doble vano rectangular recercado con placa. El resultado es una obra monumental que evoca a menor escala la fachada de la iglesia del Gesu de Roma.

En el mobiliario de la iglesia de los Santos Juanes predomina el estilo barroco. En su mayoría pertenece al período churrigueresco, como el retablo mayor (1683-1689), presidido por San Juan Bautista. El de la Soledad (1694-1695) es obra de José de Egusquiza, quien también realizó el del Santo Cristo (1696), en colaboración con José de Munarriz. Ambos, como sus imágenes (obras de Raimundo Capuz y Juan de Beaugrant respectivamente), fueron trasladados desde la antigua iglesia de Atxuri. A la misma fase pertenecen los de la Virgen del Carmen y San Juan Evangelista (Santiago de Castaños, 1683), inicialmente dedicados a San Ignacio de Loiola y San Francisco Javier. Lo mismo sucede con el de San Luis Gonzaga, con una magnífica talla atribuida a Luis Salvador Carmona, y el de San José, este último en origen presidido por San Francisco de Borja.

Sin embargo, el dedicado a San Rafael, que luce una hermosa imagen regalada por Antonio de Mazarredo en 1747, y el del Sagrado Corazón son ya rococós, destacando el original diseño de este último, un temprano ejemplo de la advocación promovida por el jesuita Padre Cardaveraz.

La imagen tardogótica del Cristo de la villa, situada a la entrada del templo, o el espléndido relieve de la Encarnación del Cristo de mediados del XVIII que preside la capilla de diario, son otras de las obras artísticas que justifican la visita a este templo.