Fue la última epidemia de peste que afectó a Bilbao, distinta a todas las anteriores que habían tenido su puerta de entrada por el Mediterráneo, mientras ésta la tuvo en el Cantábrico, por Santander y Castro Urdiales. Coincidió en su apogeo con el fallecimiento del rey Felipe II y supuso, en cierto modo, la puntilla a la larga crisis económica originada por las guerras que sostuvieron los dos primeros monarcas de la casa de Austria.

Se suele atribuir el contagio al navío “Rodamundo” que llegó a Santander procedente de Flandes y que había hecho escalas en Dunquerque y Calais, ambas afectadas por la peste. Se fue extendiendo hacia el sur, de forma irregular y caprichosa, dando saltos, de tal manera que afectó a otras localidades más distantes de las villas cántabras antes de alcanzar a Bilbao, adonde llegó meses más tarde.

La sucesión de acontecimientos siguió el mismo guión de las epidemias anteriores:

• Peste en zonas vecinas (Ene 1597-Dic 1598); Bilbao trata de aislarse y vigila sus puertas para evitar la llegada de viajeros o mercancías procedentes de lugares sospechosos. Envía a sus médicos o delegados a comprobar la situación de ciudades vecinas presuntamente afectadas.
• Peste inminente (Ene-Feb 1598). Se intensifican las medidas de aislamiento al llegar la peste a Lekeitio, Plaentzia, Bergara y Oñate. Se contrata por un año a los médicos Olalde y Gondra, con 6.000 reales anuales cada uno; a un cirujano, Domingo de Llona; y a un boticario, Tomás de Lezama, estos dos últimos con 3.000 reales cada uno.
• Bilbao apestada, en dos brotes; uno desde febrero de 1598 hasta marzo de 1599 y otro desde el verano de 1599 hasta finales de noviembre del mismo año.  El Ayuntamiento organiza una suscripción para atender a los gastos, importa trigo por mar desde Francia, trata de obtener la ayuda del Rey  y organiza la asistencia médica, habilitando un hospital para apestados.

Consecuencias de la epidemia en Bilbao

Bilbao quedó arruinada. En pocos años había sufrido una inundación, un incendio y una epidemia de peste. Además, pronto volvería a sufrir otra grave inundación (1609). Formaba parte de un Reino sumido en guerra y bancarrota, al que también había afligido gravemente esta epidemia.

Carecemos totalmente de datos acerca del número de personas que pudieran haberse visto afectadas por la peste en Bilbao y de las que fallecieron por ello; ni siquiera datos indirectos. En su ausencia, las referencias al fallecimiento del propio Corregidor o el de tres de los nueve cirujanos que prestaban servicio en la Villa; el descenso del número de regidores presentes en las sesiones municipales nos permiten aventurar una importante mortalidad.

Tampoco disponemos de muchas estadísticas de las ciudades de nuestro entorno, aunque parece claro que todo el País Vasco resultó atacado por esta “Peste Atlántica”. Hondarribia ha conservado su contabilidad de 219 personas fallecidas entre el 8 de agosto y 21 de octubre de 1597; de entre ellos, 36 eran hombres, 99 mujeres y 84 niños de ambos sexos menores de 10 años. Pasajes sufrió la muerte de 364 personas, el 45,1% de sus 807 habitantes de hecho; en el acmé de la epidemia, entre los días 7 de agosto y 21 de octubre, fallecieron 219 personas, de las que 36 fueron hombres y 183 mujeres; quedaban en aquella última fecha 8 enfermos en peligro y 40 convalecientes, otras 40 personas habían curado de la enfermedad. En Pamplona se contabilizaron 276 fallecimientos; 75 de hombre, 113 de mujeres y 88 de niños de ambos sexos.

Otras consecuencias de las epidemias de peste en Bilbao los cambios en la asistencia médica, comenzando por la contratación de médicos asalariados por el Ayuntamiento (1641), la reforma de los hospitales creando un hospital clínico en el de los Santos Juanes. También la práctica de convocar juntas de médicos cada vez que llegaban alarmas de epidemia.

Durante todo el siglo XVII el Ayuntamiento interviene muy precozmente cada vez que existe escasez de trigo y busca fuentes de suministro alternativas y la manera de hacerlo llegar a la población parca en recursos, sin esperar a que se desarrolle una epidemia.

Otra de las consecuencias positivas del miedo a la peste fue que la ciencia de la época recomendaba que para luchar contra la peste había que combatir primero contra la suciedad. Después de pasada esta epidemia, Bilbao fue una ciudad que destacó por su limpieza

Por último, encontramos en el inicio de este siglo XVII las primeras actuaciones para mejorar la situación de los niños pobres o abandonados.

No cabe duda, pues, de la influencia de la peste en la historia de Bilbao.