1936ko abenduaren 1ean ireki zituen ateak Bilbon Euzko Irakastola Nagusiak, hau da, Euskal Unibertsitateak. 1867tik aurrera Hego Euskal Herri osoan aldarrikaturiko eskaria Gerra Zibilaren testuinguruan gauzatu zen. sortu berria zen Euzko Jaurlaritzaren Kultura sailburuak, Jesus Maria Leizaolak, batzorde bat eratu zuen unibertsitatearen ezaugarriak zehazteko eta haren sorrera prestatzeko urriaren 9an. Hor bildu ziren unibertsitatearen aldarrikapenarekin zerikusia izan zuten hainbat lagun eta talde. Taldekideek bazekiten behin-behineko egitasmoa zela, baina era berean, Euskal Herriko unibertsitatearen etorkizuna finkatzen ari zirela ere bazekiten.

Hilabete geroago, azaroaren 18an, Euskal Unibertsitatea sortu zuen dekretua argitaratu zen Euskal Herriko Aldizkari Ofizialean. Garaiko unibertsitate planteamendu aurrerakoienak jaso zituen dekretuko ereduak: unibertsitate osoa sortu zen, ordura arte zeuden ikastetxeak eta berriak bilduko zituena; bere irakasleria edukiko zuen eta kudeaketa sistema autonomoa izango zuen. Zuzendaritzan esku hartzeko eskubidea izango zuten ikasleek, bai eta beka-sistemaz gozatzeko ere, baina sarrera-azterketa bat gainditu beharko zuten lehenago. Gaztelaniaz edo euskaraz irakatsiko zen, eta, horretaz gain, unibertsitateak arreta jarri beharko zuen ikerketan eta jakinduriaren zabalkundean.

Gerraren errealitateak mugatu egin zituen dekretuan jasotako asmo guztiak. Ikastetxe bakarra ireki zen: Medikuntza Fakultatea. Ez zen harritzekoa izan, Bilboko Ospitale Zibilak aurretik hainbat ahalegin eginda baitzituen unibertsitate-ikasketak bereganatzeko. Ikasketa-plana ere pragmatikoa izan zen. Garrantzitsuena abiatzea zen, eta egitasmo berritzaile ugari aurkeztu arren, azkenean beste unibertsitateetan indarrean zegoen egitasmoa onartu zen, bi ikasgai berrirekin, Psikiatria eta Medikuntz-Euskara. Batera jarri ziren abian karreraren sei urteak, Espainiako beste fakultate batzuetan zeuden ikasleek beren ikasketekin jarrai zezaten.

27 irakasleak Bilboko ospitaleko eta hiriko medikuen artean aukeratu ziren gehienbat (ospe handiko profesionalak zeuden tartean: Luis Bilbao, Cesareo Díaz Emparanza, Justo Garate, Julian Guimón edo Juan Viar, esaterako). 71 ikasle hasi ziren ikasten Basurton prestatu ziren geletan; nabarmentzekoa da horietako 7 emakumeak izan zirela. Horrez gainera, fakultatean integratu zen ospitalean bertan zegoen erizainen eskola.

Ez zuten luzaroan iraun ikasketek, martxoan, frankisten erasoaldia hasi zenean, ikasle gehienek frontera joan behar izan baitzuten. Klaseak eten baziren ere, irakasle batzuek harremanetan jarraitu zuten ikasleekin. Unibertsitateak behin betiko itxi zituen ateak 1937ko ekainean, Matxinoak Bilbon sartu zirenean. Zenbait irakaslek zigorrak jasan zituzten hango langile izateagatik, lanpostuak galdu zituzten eta antzeko zerbait gertatu zitzaien ikasle askori.