En la última década del siglo XX se planteó una ambiciosa operación para reordenar el sistema ferroviario que transcurría por el centro de la ciudad. Intervención denominada de forma global Operación Abandoibarra Variante Sur Ferroviaria (OAVS). Para ello la sociedad Bilbao Ría 2000 desarrolló varios proyectos que acometieron la liberación de las vías férreas del borde de la ría (muelles de Uribitarte y Ripa), eliminando trincheras y barreras, y liberando nuevos espacios urbanos (Basurto, Rekalde, Irala). Se consiguió con esta actuación la integración natural del transporte ferroviario en el área urbana y la conexión entre los diversos servicios de RENFE, FEVE y el ferrocarril metropolitano (Metro Bilbao).

Además se acometió la modificación y el soterramiento del trayecto de Bilbao a Balmaseda de la línea de FEVE en el área de Ametzola; la  creación de la línea Sur de cercanías de RENFE, conectando la margen izquierda con el centro de Bilbao y el Metro; la construcción de las nuevas estaciones de Zabálburu, Ametzola y Autonomía; la remodelación de Abando y Olabeaga; la urbanización de la Avenida del Ferrocarril (800 m de longitud); la cubrición y urbanización de la estación de San Mamés, con funciones de intercambiador; y la nueva vía de mercancías.

Todas estas intervenciones integrantes de la Variante Sur Ferroviaria se desarrollaron en cuatro fases. En la primera, iniciada en 1995, se acometió la modificación del trayecto de la línea de FEVE a su paso por Ametzola. En la segunda fase se creó la nueva Línea Sur de cercanías de RENFE, conectando la margen izquierda con el centro de Bilbao con la creación de nuevas estaciones, siendo en la Estación de Ametzola, donde concurren las líneas de RENFE y de FEVE, su construcción más destacable. En la tercera fase se desarrolló la urbanización de la Avenida del Ferrocarril, cubriéndose la trinchera ferroviaria que hasta ese momento había supuesto una fractura entre los barrios de la zona, convirtiéndose en una amplia avenida. En la cuarta y última fase se suprimió la estación de mercancías de Teco-Parque.