El 18 de junio de 1735, las Juntas Generales de Bizkaia habían declarado en Gernika a la Virgen de Begoña patrona del territorio histórico. Sin embargo, hubo que esperar casi dos siglos para que el Vaticano lo ratificase. En 1901 comenzaron las gestiones que fueron pasando por diferentes instancias, hasta que el papa Pío X lo confirmó el 21 de abril de 1903.

Se creó una comisión de festejos, pero el Ayuntamiento de Bilbao, con el liberal Pedro Bilbao Arrola al frente, se negó a sufragar la fiesta. Es destacable la lucha del socialista Facundo Perezagua por que las procesiones religiosas se suspendieran o delimitaran al entorno de la Basílica de Begoña.

A pesar de todo, con la Diputación de Bizkaia al frente, se organizaron grandes fiestas en diversos municipios de Bizkaia como Durango, Markina, Balmaseda o Gernika. Y Bilbao no iba a ser menos. El 7 de septiembre de 1903 comenzaron las celebraciones. Se engalanaron las calles y los balcones de la Villa, se adornó la Basílica de Begoña con iluminación eléctrica y estandartes, se acuñaron medallas especiales para la ocasión y se compuso el famoso himno Begoñako Andra Mari, Bizkaiko Zaindari.

Tras la proclamación bajo el Árbol de Gernika miles de peregrinos de todos los pueblos de Bizkaia fueron marchando en procesión hacia Begoña hasta el 11 de octubre, festividad de Nuestra Señora de Begoña. Como muestra del conflicto entre católicos y anticlericales, las fuentes de la época describen duramente los ataques e incidentes que tuvieron lugar aquel día ante la confluencia de un mitin obrero al que acudieron miles de personas, y las columnas de fieles que desfilaban a Begoña. Nada pudo evitar, sin embargo, que los 20.000 peregrinos llegaran a la basílica para poner fin a los festejos en honor de la patrona.